回答1
相続税というのは、お母様が所有している財産の金額によって判断されます。
お母様名義の他の財産（預金・不動産等）がなければ、相続財産は600万円（有価証券）- 300万円（叔父様への借金）＝300万円となります。
相続税の基礎控除が相続人3人の場合は、4,800万円まで課税されませんので、相続税の問題はありません。

回答2
相続税の申告を行う必要はありませんが、遺産分割協議書で各相続人が何を相続するかを明確にしておく必要があります。
遺産分割書の内容ですが、あなたが有価証券400万円と借金300万円、他の相続人が有価証券100万円という形での遺産分割協議書を作成されるのがよいと思います。

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